Tandem Mass Tag（TMT）是一种广泛应用于高通量定量蛋白质组学的标记定量技术，凭借其多重标签能力、高定量精度和样本并行分析的优势，成为研究疾病机制、生物标志物筛选、药物作用机制等方向的利器。然而，在实际应用中，TMT分析流程也存在诸多挑战，若处理不当，可能严重影响数据质量和研究结论的可靠性。

一、TMT分析流程概览

TMT分析流程通常包括以下几个关键步骤：

1、样本蛋白提取与定量

2、酶解与TMT标签标记

3、高pH反相分级（Fractionation）

4、LC-MS/MS检测（Orbitrap等高分辨质谱）

5、数据处理与定量分析

二、常见挑战及解决方案

1、蛋白样本质量不佳，影响标记效率

（1）挑战：

蛋白样本中若存在盐、脂质、核酸残留或降解产物，易导致酶解效率下降、TMT标签反应不完全，最终影响定量准确性。

（2）解决方案：

• 采用SDS或FASP法去除杂质，并通过BCA或Bradford方法进行蛋白浓度精准定量；
• 控制样本新鲜度与冻融次数，避免蛋白降解；
• 在百泰派克生物科技，我们使用高通量自动化平台进行样本预处理，确保蛋白纯度与稳定性，为后续TMT标记打下坚实基础。

2、TMT标记反应不完全或标签污染

（1）挑战：

TMT标签需在高pH条件下与肽段N端和赖氨酸侧链反应。反应不充分或过量标签未清除，均会影响定量结果。

（2）解决方案：

• 严格按照TMT说明书中推荐的比例（TMT标签与肽段通常为1:1~2:1）进行反应；
• 反应后使用氢氧化氨或氨基酸终止反应，并通过C18柱纯化彻底去除游离标签；
• 检查标记效率：建议通过NanoLC-MS/MS进行预实验检测，标记率应 ≥95%。

3、样本间Batch效应与批间误差

（1）挑战：

多组TMT实验往往需跨批次进行标记，不可避免产生批间偏倚，影响数据可比性。

（2）解决方案：

• 使用全局内参（Global Internal Standard, GIS）策略，将混合样本标记为每批次中的一个通道，用于后续归一化；
• 尽量减少批次数量，或优先选用TMTpro 16plex/18plex进行单批多样本分析；
• 百泰派克生物科技基于GIS策略构建了标准化质控体系，配合多维归一化算法，有效控制批次效应。

4、高丰度蛋白掩盖低丰度信息

（1）挑战：

血浆、组织等样本中高丰度蛋白（如白蛋白、免疫球蛋白）可能掩盖低丰度调控蛋白信号。

（2）解决方案：

• 使用高效高丰度蛋白去除柱（如Agilent MARS、Thermo Top12）；
• 加强前处理分级：采用高pH反相色谱（HpH-RP）将样本分级，提高肽段覆盖率；
• 或考虑结合DIA-MS、PRM等验证技术，对关键靶点进行补充验证。

5、TMT数据归一化与差异分析不规范

（1）挑战：

TMT数据受标签强度漂移、MS运行波动等因素干扰，若不进行归一化处理，易产生伪差异。

（2）解决方案：

• 常用归一化方法包括：总强度归一化（Total Intensity）、中位数归一化（Median）、参考通道归一化（Reference Channel）；
• 差异分析建议结合Limma、MSstatsTMT等包进行统计显著性检验，并进行多重假设校正（如Benjamini-Hochberg）；
• 百泰派克生物科技自主开发TMT分析流程（含R语言脚本与Shiny交互式界面），可实现自动化质控、归一化与可视化分析。

三、前沿优化策略推荐

1、结合DIA进行定量验证

TMT虽然适合多样本定量，但在复杂样本中可能存在比率压缩问题（Ratio Compression），此时可结合DIA-MS（Data Independent Acquisition）策略进行关键蛋白定量验证，提升结果可靠性。

2、TMT结合PTM研究

TMT不仅可用于全蛋白定量，也可结合富集策略（如IMAC、TiO₂）研究磷酸化、乙酰化等蛋白翻译后修饰（PTMs），广泛应用于信号通路、代谢调控研究。

TMT技术强大但流程复杂，从样本前处理、标记效率控制，到数据归一化与统计分析，每一个环节都需精准执行。对于大多数科研团队而言，选择经验丰富的服务平台是确保数据质量的关键。

在百泰派克生物科技，我们提供覆盖TMT实验全流程的一站式解决方案，包括：

• 多种样本类型适配（组织、细胞、血液等）；
• 高质量标记效率与标签纯化流程；
• Orbitrap Exploris 480 高分辨质谱平台；
• 自研标准化数据分析管线 + 多种可视化图谱输出。

欢迎联系百泰派克生物科技获取技术方案与示例数据，助您快速推进课题研究！

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百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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